Un día después, Willy Sagnol -quien para el momento se desempeñaba como segundo entrenador- asumió las riendas del club de forma interina. Después de la primera ronda, el equipo dejó marca de 15 victorias y 46 puntos, siendo esta la quinta vez que el Bayern lideraba la primera vuelta de forma consecutiva, consiguiendo además ocho puntos sobre su más cercano perseguidor: el Borussia Dortmund. El 6 de abril, el Bayern se proclamó campeón de liga por 23.ª vez en su historia, a falta de seis jornadas para el final, tras una victoria por 0:1 ante el Eintracht Fráncfort. Cruyff también reinstauró el ‘Fútbol Total’ antes de conseguir que Frank Rijkaard, Marco van Basten y Dennis Bergkamp consiguieran el título de liga y la Recopa de la UEFA en 1987. El martes 25 de abril de 2017, en el que sería su 70 cumpleaños, el club anunció que el Amsterdam ArenA pasaría a llamarse Johan Cruyff ArenA la próxima temporada. El ex delantero del Ajax se convirtió en el entrenador del club en 1965. Un par de calles más arriba del viejo Olympisch Stadion, el arquitecto del ‘Fútbol Total’ modernizó a los ‘godenzonen’ y consiguió su primer título europeo. Finalmente, el 1 de junio ganarían 3:2 al Stuttgart proclamándose así campeón de la Copa de Alemania 2012-13 y completando el primer triplete continental en la historia para un club de fútbol alemán.
Sin embargo, el Bayern perdió 2:0 en la final de la Liga de Campeones de la UEFA contra el Inter de Milán de José Mourinho el 22 de mayo en Madrid, quedándose a un paso del triplete -que curiosamente sí completó su rival aquel día-. Tras un flojo campeonato de liga y una nueva derrota contra el Alemannia Aquisgrán, el entrenador Magath fue despedido poco después de la pausa de invierno. Esto fue precedido por varios resultados decepcionantes -como una derrota por un global de 5:1 contra el «Barça» en la Liga de Campeones, y otra derrota de 5:1 contra el campeón nacional Wolfsburgo-. Después de las vacaciones de invierno, el Bayern acortó rápidamente la distancia y se ubicó en el primer lugar de la liga. Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. De esta manera, el conjunto muniqués se clasificaba para jugar la final de la Liga de Campeones 2011-12 que se diputaba su estadio, el Allianz Arena ante el Chelsea. Van Gaal logró reconducir la situación y llevar al Bayern a los octavos de final de la Liga de Campeones, donde tuvieron a la Fiorentina como su adversario.
Durante la primera mitad de la temporada 2008-09 de la Bundesliga, el Bayern tuvo un principio tambaleante, ganando simplemente dos partidos hasta el sexto partido, pero después empezó a estar a la altura de las circunstancias. El 16 de enero de 2013, se hizo oficial la contratación del español Pep Guardiola para la temporada 2013-14 como nuevo entrenador hasta 2016 -ya que Heynckes había anunciado su retiro al final de esa temporada-. Página oficial del Al Sadd. Sin embargo, pocos días después elimina al Real Madrid en una «agónica» tanda de penaltis -el resultado tras ambos encuentros fue de 2:1 favorable al conjunto que actuaba como local- en la que Philipp Lahm y Toni Kroos fallaron, mientras que Cristiano Ronaldo, Kaká y Sergio Ramos erraron por parte del club español. “¿En español o inglés? El FC Barcelona quiere alejar a los grandes clubes que se han interesado en Ansu Fati con una cláusula multimillonaria. Hoeneß a Sky plc, presumiendo de pagar solo en dinero en efectivo, mientras que otros clubes mediante créditos. El club también ha ayudado a otros clubes en apuros económicos. A finales de año el club anuncia que Pep Guardiola no renovaría su contrato el cual expiraba al final de temporada, por lo que el club se hizo de los servicios del entrenador italiano Carlo Ancelotti.
El 28 de septiembre el entrenador Carlo Ancelotti fue despedido tras una derrota por 3:0 en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA 2017-18 ante el París Saint-Germain, así como una temporada totalmente insatisfactoria en cuanto al rendimiento esperado. Ganó con ambos conjuntos los títulos de liga así como importantes torneos de preparación. En el Ajax consiguió 9 títulos de la Eredivisie como jugador. Con esto se frenaba una racha de dos años sin títulos. El reinado de Hitzfeld acabó en 2004, a causa de esto el Bayern perdió desempeño, incluyendo una derrota en la Copa de Alemania contra el Alemannia Aquisgrán -equipo de la 2. Bundesliga-. El Bayer Leverkusen eliminó al Bayern en los octavos de final de la Copa de Alemania, mientras que en la Liga de Campeones de la UEFA 2008-09 el Bayern llegó a los cuartos de final, siendo eliminados por el a la postre campeón, el Barcelona, después de ganar en el Grupo F y derrotar a Sporting de Lisboa en la primera ronda de la eliminatoria, logrando un resultado global récord en la Liga de Campeones de 12:1. El 27 de abril, dos días después de una derrota en casa contra el Schalke 04 que hizo caer al Bayern al tercer puesto en la tabla, Jürgen Klinsmann fue despedido.
En 2005, sufre, en el curso de un Real Madrid-FC Barcelona, una grave lesión (su única grave lesión hasta el momento). También posee acuerdos en varios clubes de países como Brasil, Serbia y China, donde en la actualidad es una de las instituciones deportivas más importantes en el mundo. Con 10 goles, se consagró como el máximo goleador de la justa y fue nombrado Mejor Delantero de los torneos de clubes de la UEFA. La melodía, de tres minutos de duración, se vuelve icónica, toca las fibras más sensibles de su afición y rememora choques inolvidables cuando el Herediano infunde respeto frente a fuertes y famosos clubes sudamericanos y europeos. Juega su primer partido con el Al-Sadd, sin haber jugado antes ni un amistoso, el 4 de agosto de 2012 en la fase de grupos de la Copa Sheikh Jassim, disputando los 90 minutos y marcando en el minuto 90′ de penalti el que sería el 2-0 en el marcador y el pase a semifinales. Es común que la carcasa de acero inoxidable se afloje y se salga de las tuercas originales, respetuosos con el medio ambiente.
Adicionalmente, en el uniforme, el escudo está acompañado por cinco estrellas bordadas ubicadas en la parte superior. Rombos. En la parte central del escudo, se aprecian los rombos azules y blancos representativos de la bandera de Baviera. Desde 1906 hasta 1919 fue parte del Münchner SC. El caso del Bayern no fue diferente, y en 1906 se fusionaron con el Münchner Sportclub, no obstante ambas entidades tuvieron que ponerse de acuerdo en cuanto al tema de la identidad del club. Posteriormente pudo independizarse y 1924 sustituyó su escudo por uno muy similar al que poseía entre 1901 y 1906. No obstante, dicha independencia terminaría en 1938, cuando el club atrajo la atención de Adolf Hitler -ya que para entonces el Bayern era el club más prestigioso de Baviera-. «Los rojos»-. No obstante, el Bayern posteriormente decidiría cambiar con los colores de su equipación, llegando a incluir rayas verticales de color azul o blanco. El Bayern logró que el nombre, el escudo del club, y la camiseta blanca se mantuvieran, sin embargo, debieron utilizar pantalones cortos de color rojo oscuro -dichos colores eran los del Münchner Sportclub-.
Ha habido un par de temporadas donde los jugadores del Bayern vestían de color amarillo u oro, pero estos colores iban y venían, mientras que el blanco se mantuvo. En un principio esta acción fue financiada con €600 000, donados por funcionarios y jugadores del club. Camine hasta la entrada E del ArenA. Con Heynckes nuevamente al mando, el club logró reponerse y rápidamente escaló hasta la cima de la liga, en la cual se proclamaron campeones por sexta vez consecutiva. Hermann era hasta la fecha el segundo entrenador del Fortuna Düsseldorf, por su parte, Gerland era responsable del área deportiva del FC Bayern Campus. Después conseguiría vencer al Olympique de Lyon por 3:0 para alcanzar nuevamente una final continental desde la última vez en 2013. En la final vencieron al París Saint-Germain por 1:0 con gol de Kingsley Coman para alcanzar -pese a los parones de tiempo debido a la pandemia de COVID-19- el triplete y convertirse en el segundo club europeo que alcanza dos tripletes continentales. El Bayern culminó la histórica temporada con la consecución de la Copa Mundial de Clubes al vencer 1:0 con gol de Benjamin Pavard a los Tigres UANL de México, para así obtener el sextuplete.