Otra vez arrancando en segunda fase como campeón defensor, Independiente compartió grupo con River Plate, Boca Juniors y Guaraní. Como campeón defensor, clasificó directamente a las semifinales de la copa en 1965, ya renombrada como Copa Libertadores de América. Gracias al bicampeonato de América accedió nuevamente a la Intercontinental, otra vez con el Inter de Milán. Luego de los enfrentamientos por las Intercontinentales nunca se volvieron a enfrentar los Rojos con el Inter. En el campeonato de Primera alcanzó el segundo lugar y hubo muchas victorias por goleada entre ellas: 8-1 contra Estudiantes de La Plata, 5-0 a Vélez Sarsfield, y las dos más destacadas; el 7-1 a Boca Juniors (siendo ésta la mayor goleada sufrida por los xeneizes en su historia), y la mayor goleada histórica del clásico de Avellaneda, el 7-0 contra Racing Club. Para el partido de revancha en Avellaneda, con 80.000 hinchas rojos, Independiente pudo haber triunfado por un gol para ir al partido desempate, dado que se jugaba por puntos. Dado que se jugaba por puntos, hubo un partido desempate para determinar al finalista en el Estadio Monumental, que finalizó empatado 0-0. Quien pasó a la final fue Independiente por haber marcado más goles en los partidos previos.
La consecuente edición de la Copa Intercontinental no fue tan esperanzadora pues el rival sería el Ajax de Ámsterdam holandés, equipo que contenía una buena parte de la Naranja Mecánica que más tarde sería finalista de la Copa del Mundo. El historial quedó a favor de los italianos con una victoria roja, un empate y tres derrotas. Esta vez fue Novak Djokovic, perdiendo en tres sets luego de ganar el primer set por 6-4 y perdiendo por doble 6-4 los dos siguientes en 2 horas y 38 minutos. En la década de 1960 el Hipódromo de San Felipe, que era a su vez reemplazo del Hipódromo de Santa Beatriz, sería demolido para dar paso a la hoy emblemática Residencial San Felipe. Nuevamente en el estadio San Siro, como se lo conoce popularmente, el Nerazzuri de goleó a Independiente por 3-0 ante 75.000 espectadores, donde el Inter ya se había puesto en ventaja a los 3 minutos de empezado el partido. Independiente terminó empatado en 8 puntos con River y debieron jugar un partido desempate, que se realizó en la cancha de San Lorenzo y dio por ganador a River por 2-1 tras el alargue. En la última fecha los Rojos perdieron contra Racing mientras que River logró un empate, alcanzando a Independiente en puntos por lo que se disputó una final de desempate donde River goleó 3-0 y se consagró campeón, relegando a Independiente al subcampeonato.
En los cuartos de final jugaría contra el vigésimo preclasificado Milos Raonic en una revancha de su duelo anterior. Perdió en los cuartos de final contra el kazajo Mijaíl Kukushkin en doble muerte súbita. En la Copa de Campeones de América 1961, disputada por solamente nueve equipos campeones de su país, quedó eliminado en cuartos de final tras caer con doble derrota con el Palmeiras. En 1967 salió campeón de Primera División ganando el primer Campeonato Nacional, el primer torneo en que la Asociación del Fútbol Argentino permitió el ingreso de equipos de las demás provincias argentinas, indirectamente afiliados, quienes se clasificaban a través del Torneo Regional. Es uno de los 9 equipos que históricamente en Primera ganaron más partidos de los que perdieron. Primera medalla de plata en la historia del tenis masculino argentino, conseguida en los Juegos Olímpicos de Río 2016. Cabe aclarar que ingresó al torneo mediante el sistema de Ranking Protegido (PR). Sin embargo, cuando Del Potro derrotó a Murray en los cuartos de final del Masters de Indian Wells 2013, Del Potro ganó contra todos los miembros del Big Four en 2013. En su segunda final, Del Potro perdió a Murray en los Juegos Olímpicos de Río 2016. Sin embargo, durante la eliminatoria de la semifinal de la Copa Davis 2016 contra Gran Bretaña, Del Potro se desquitó venciendo a Andy Murray en un duelo épico a cinco sets que fue el partido más largos en todas la carreras de ambos jugadores con una duración de 5 horas y 7 minutos.
El club cambiaría de campo recién cinco años más tarde, por lo que se presume que Independiente siguió jugando en Crucecita. En la actualidad el blanco continúa siendo el color principal de la equipación, en su totalidad, al añadírsele las medias también blancas en la década de los años cincuenta. Durante la temporada 2009-10, el club ingresó 150 millones de euros a través de la venta de entradas, cantidad más alta en el fútbol hasta la fecha, que junto a otros ingresos permite que pueda asumir ser una de las entidades con una factura salarial más alta (ascendió a 169 millones de euros en 2010). Con el devenir de las temporadas se ajustó a los requisitos UEFA y situó dichos gastos muy por debajo del 70% recomendado por el organismo para considerar que posee una buena salud financiera, mejorando las prestaciones de clubes como el F. C. Barcelona, Manchester City F. C., Arsenal F. C. o Manchester United F. C. por citar algunos. En el campeonato de dicho año terminó sexto, finalizado el torneo se retiró el mayor goleador de la etapa amateur del fútbol argentino, Manuel Seoane, autor de 241 goles en 264 partidos con la camiseta de Independiente.
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El partido de ida fue en el estadio del Ajax, el Ámsterdam Arena, y terminaría favorable al equipo local 2-0. Suárez no consiguió anotar. A nivel de selecciones Suárez debutó oficialmente en la Copa Mundial Sub-20 de Fútbol de 2007 y en la selección absoluta debutó el mismo año en un partido amistoso jugado contra Colombia. El duelo lo ganó Independiente por 3-1. Posteriormente, ese mismo año el club sufrió la destrucción del estadio de La Crucecita por un gran incendio. Le sustituyó Juande Ramos, procedente del Sevilla FC español, con sus ayudantes Marcos Álvarez y Gustavo Poyet, ex del club. Entonces ¿no hay represión de parte del Ejército? Así es. Y ellos también, de otra parte. Ud. la verdad! Como no, pero ¿qué verdad quieres que te diga, la mía? ¿Qué verdad quieres que te diga? Tras un par de jugadas en las que ha necesitado cometer falta para frenar al colombiano, el leganense consigue recuperar el cuero y marcar territorio.
El conflicto armado dejó un saldo de más de 250.000 víctimas -entre muertos y desaparecidos- según datos de la Comisión para el Esclarecimiento Histórico, 
En 1996, se inauguró, en el barrio de La Boca, el Estadio Luis Conde, conocido como «La Bombonerita», donde el conjunto azul y oro tendría garantizada su localía.Un año después, Boca obtuvo por primera vez la Liga Nacional. Junto a Boca, también estuvieron presentes sus clásicos rivales del fútbol argentino, como ser River Plate, Racing Club, San Lorenzo de Almagro e Independiente de Avellaneda. San Lorenzo, el libro. Además, es actualmente el 3.º club más ganador de Liga Nacional, y el club argentino que más veces ganó el Campeonato Sudamericano de Clubes (3), junto con Ferro Carril Oeste. De esta manera Independiente comenzaba el profesionalismo del fútbol argentino. ↑ «Bautista se carga a Del Potro». ↑ «Cuatro pibes de River irán con la Selección». ↑ Palmieri, Jorge (2007). «Mi autobiografía» (en línea). ↑ Espn (25 de septiembre de 2013). «Copa: Man. Fútbol Club Barcelona (23 de julio de 2013). «Gerardo Martino, nuevo entrenador del FC Barcelona». Su programación estaba orientada al fútbol y al club de Boca Juniors con partidos y entrevistas. El equipo no encontró respuestas y deambuló en la zona baja de la tabla, para finalmente acabar en el puesto 17, con 13 partidos ganados y 17 perdidos.
En el mismo se enfrentaron el Arsenal y el Ajax, teniendo como ganador al club inglés por marcador de 2:1. El Arsenal contó con la presencia de jugadores como Ian Wright, Patrick Vieira, Marc Overmars, Emmanuel Petit y David Seaman; en el club de Ámsterdam se encontraron algunos como Johan Cruyff, Marco van Basten, Danny Blind, y Frank y Ronald de Boer. Militó diez temporadas en el primer equipo del Ajax de Ámsterdam. ↑ «El Barcelona domina el Equipo de la Temporada». «El clásico Blanco y Negro». Influencia del Jazz dentro del repertorio clásico de Saxofón más representativo del siglo XX.. En 1978, el equipo de fútbol del Olimpia se consagró campeón del Torneo Nacional, adquiriendo el derecho de disputar la Copa Libertadores de América del año siguiente. En su gira de polvo de ladrillo el tandilense se presentó en el Torneo de Estoril. 3 del ranquin ATP (a partir de la semana del 13 de agosto) después de la derrota en los cuartos de final de Alexander Zverev, el vigente campeón del torneo en ese entonces. En cuartos de final, se enfrentó al número 3 del mundo Roger Federer (en su enfrentamiento número 22 entre ambos, Federer buscaba además recuperar el No.
En un partido de la Copa Sudamericana en el 2008 contra la Universidad Católica de Chile se da un enfrentamiento entre las hinchadas, lo que produce un punto de inflexión dentro de la historia. Luego de la unificación que se realizó en el 2015, seguía las diferencias entre «La Barra del Olimpia» y «La Barra de la «O»» que en octubre del 2017 durante el partido de Olimpia vs Sol de América a los 7 minutos del primer tiempo ocurre un incidente entre dichas barras, dejando un gran número de heridos. Con una asistencia de 62.000 espectadores, Independiente se adelantó en el marcador al sexto minuto de iniciado el partido con gol de José Percudani. A principios del año 2011, «La Barra de la «O»» vuelve a entrar en conflicto, haciendo que la hinchada «franjeada» tenga una separación definitiva, creándose así 2 grupos: La Barra de la «O» y La Barra del Olimpia. Por primera vez un equipo que no sea argentino, 
