En agosto de ese año, los dirigentes desmintieron los rumores de embargos a los bienes del club, mientras que Rodríguez descartó una posible intervención a la «U» por parte de la Asociación Central de Fútbol. Repercutió también la crisis sufrida por el fútbol chileno en la primera mitad de la década de 1980, la que tuvo que ser paliada gracias a aportes estatales, que además sirvieron para costear algunas incorporaciones. El 6 de febrero de 2014, Universidad de Chile se convirtió en el único equipo chileno que acumula victorias de visita en todos los países que integran la Conmebol, al derrotar por un marcador de 3-2 a Guaraní de Paraguay en el Estadio Defensores del Chaco por la primera fase de la Copa Libertadores. Posteriormente el equipo fue eliminado en fase de grupos (por diferencia de gol) y obtuvo muy malos resultados en el torneo nacional (incluyendo una derrota en el superclásico contra Colo-Colo), finalizando en la 12° posición, donde eso sí sobresalió una considerable victoria 3-0 de visita en el Clásico universitario ante Universidad Católica. Cabe consignar que, previamente a ello, la «U» venció por playoffs a Cobreloa y Colo-Colo (a este último en una remontada de 4-0, tercera equipacion ajax tras haber caído 2-0 en el encuentro de ida).
El equipo laico caía 2-0 ante su rival hasta el minuto 84, momento en que logró una increíble y épica remontada venciendo 3-2, con dos goles del defensa Ramón Arias (84′ y 93′) y el delantero Junior Fernandes (94′). Dicho encuentro fue bautizado por la prensa como el «Milagro de Rancagua». Durante esa campaña, anotó un total de siete goles en la liga. El 28 de octubre logró un hat-trick ante el Real Madrid en la goleada por 5 a 1 en la décima jornada, alcanzando así la cifra de nueve tantos anotados ante el máximo rival en apenas nueve partidos y en el octavo jugador blaugrana en anotar tres tantos al equipo blanco en Liga. Durante el verano Independiente disputó 12 encuentros por la Liga Central de Verano, perdiendo la mayoría de ellos. Los azules no pudieron superar la primera fase de la Copa Libertadores, y en el plano local cosecharon un mal rendimiento que los alejó de puestos de título, lo cual se mantuvo con la llegada de Víctor Hugo Castañeda durante el segundo semestre.
Meses más tarde las cosas no mejoraron para el conjunto laico, teniendo un bajo rendimiento que lo dejó ubicado en el 11° lugar del Torneo de Apertura. A la pandemia de COVID-19 que afectó al fútbol nacional e internacional (y que mantuvo paralizado el torneo durante varios meses), se sumó un rendimiento muy irregular del equipo, que terminó con la salida de Hernán Caputto y la llegada del DT venezolano Rafael Dudamel. En 2020 el cuadro azul incorporó entre sus filas a varios refuerzos importantes con el objetivo principal de mantener la categoría, luego que las autoridades del fútbol nacional determinaran una tabla anual que consideraba los resultados del año anterior y del presente. También clasificó a cuartos de final del Torneo de Clausura 2012 al quedar segundo en la tabla de clasificación con los mismos puntos que su archirrival, Colo-Colo, pero por debajo de este por diferencia de goles. Universidad de Chile se transformó en el mejor campeón en la historia de la Copa Sudamericana, luego de ganar 10 partidos y empatar otros 2, además de ser Johnny Herrera el arquero menos batido del certamen con solo dos goles en contra.
En agosto de 2008, se convirtió en el primer jugador en la historia de la ATP en ganar cuatro torneos consecutivos en condición de debutante. Récord al primer jugador de la historia de la Premier League en anotar dos o más goles en cuatro partidos consecutivos. En la segunda fase ganaron por 5-1 a Austria, empataron a 2 goles ante Alemania Federal y vencieron en el último partido de grupo a Italia por 2-1. Ya en la final se enfrentaron a los anfitriones, Argentina. La situación provocó que, a mediados de la década de 1970, la institución se encontrase sumida en una profunda crisis económica, ante lo cual, Rolando Molina, presidente de la rama de fútbol, y un grupo de dirigentes solicitaron a la Junta de Gobierno de la dictadura militar, en 1974, la intervención formal del club. Luego en segunda ronda tuvo que retirarse del torneo debido a una lesión en su partido frente a Fernando González.