Después de estar 30 de 38 jornadas entre los seis primeros puestos, el conjunto rojiblanco acabó fuera de la Copa de la UEFA, finalizando séptimo con 60 puntos. El 28 de julio de 2007, el conjunto rojiblanco logró su paso a la Copa de la UEFA, tras imponerse al Gloria Bistrita de Rumanía por uno a cero en el Estadio Vicente Calderón (dos a uno a favor de los rumanos en la ida) en una de las finales de la Copa Intertoto de la UEFA.
