Sin embargo, el Bayern perdió 2:0 en la final de la Liga de Campeones de la UEFA contra el Inter de Milán de José Mourinho el 22 de mayo en Madrid, quedándose a un paso del triplete -que curiosamente sí completó su rival aquel día-. Tras un flojo campeonato de liga y una nueva derrota contra el Alemannia Aquisgrán, el entrenador Magath fue despedido poco después de la pausa de invierno. Esto fue precedido por varios resultados decepcionantes -como una derrota por un global de 5:1 contra el «Barça» en la Liga de Campeones, y otra derrota de 5:1 contra el campeón nacional Wolfsburgo-. Después de las vacaciones de invierno, el Bayern acortó rápidamente la distancia y se ubicó en el primer lugar de la liga. Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich. De esta manera, el conjunto muniqués se clasificaba para jugar la final de la Liga de Campeones 2011-12 que se diputaba su estadio, el Allianz Arena ante el Chelsea. Van Gaal logró reconducir la situación y llevar al Bayern a los octavos de final de la Liga de Campeones, donde tuvieron a la Fiorentina como su adversario.
Durante la primera mitad de la temporada 2008-09 de la Bundesliga, el Bayern tuvo un principio tambaleante, ganando simplemente dos partidos hasta el sexto partido, pero después empezó a estar a la altura de las circunstancias. El 16 de enero de 2013, se hizo oficial la contratación del español Pep Guardiola para la temporada 2013-14 como nuevo entrenador hasta 2016 -ya que Heynckes había anunciado su retiro al final de esa temporada-. Página oficial del Al Sadd. Sin embargo, pocos días después elimina al Real Madrid en una «agónica» tanda de penaltis -el resultado tras ambos encuentros fue de 2:1 favorable al conjunto que actuaba como local- en la que Philipp Lahm y Toni Kroos fallaron, mientras que Cristiano Ronaldo, Kaká y Sergio Ramos erraron por parte del club español. “¿En español o inglés? El FC Barcelona quiere alejar a los grandes clubes que se han interesado en Ansu Fati con una cláusula multimillonaria. Hoeneß a Sky plc, presumiendo de pagar solo en dinero en efectivo, mientras que otros clubes mediante créditos. El club también ha ayudado a otros clubes en apuros económicos. A finales de año el club anuncia que Pep Guardiola no renovaría su contrato el cual expiraba al final de temporada, por lo que el club se hizo de los servicios del entrenador italiano Carlo Ancelotti.
El 28 de septiembre el entrenador Carlo Ancelotti fue despedido tras una derrota por 3:0 en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA 2017-18 ante el París Saint-Germain, así como una temporada totalmente insatisfactoria en cuanto al rendimiento esperado. Ganó con ambos conjuntos los títulos de liga así como importantes torneos de preparación. En el Ajax consiguió 9 títulos de la Eredivisie como jugador. Con esto se frenaba una racha de dos años sin títulos. El reinado de Hitzfeld acabó en 2004, a causa de esto el Bayern perdió desempeño, incluyendo una derrota en la Copa de Alemania contra el Alemannia Aquisgrán -equipo de la 2. Bundesliga-. El Bayer Leverkusen eliminó al Bayern en los octavos de final de la Copa de Alemania, mientras que en la Liga de Campeones de la UEFA 2008-09 el Bayern llegó a los cuartos de final, siendo eliminados por el a la postre campeón, el Barcelona, después de ganar en el Grupo F y derrotar a Sporting de Lisboa en la primera ronda de la eliminatoria, logrando un resultado global récord en la Liga de Campeones de 12:1. El 27 de abril, dos días después de una derrota en casa contra el Schalke 04 que hizo caer al Bayern al tercer puesto en la tabla, Jürgen Klinsmann fue despedido.