Entre las víctimas había empleados de la Agencia Internacional para el Desarrollo (AID) de los Estados Unidos, miembros de partidos políticos de izquierda moderada y de izquierda radical, y sacerdotes católicos. En un reporte para las Naciones Unidas, la Comisión de Derechos Humanos para Guatemala, reportó setecientas trece ejecuciones extrajudiciales y quinientas seis desapariciones en Guatemala entre enero y septiembre de 1984. Un mensaje secreto del departamento de la Defensa de los Estados Unidos en marzo de 1986 indicaba que del 8 de agosto de 1983 al 31 de diciembre de 1985, hubo un totoal de dos mil ochocientos ochenta y tres secuestros; y que los secuestros promediaban ciento treinta y siete al mes durante 1984. El reporte asoció estos hechos a un programa sistemático de las fuerzas de seguridad de Mejía Víctores, indicando que aunque había actividad criminal y personas que desaparecían por su cuenta, camisetas futbol las fuerzas de seguridad y los grupos paramilitares eran responsables de la mayoría de las desapariciones. El 27 de septiembre de 2016, Martino se convirtió en el primer técnico de la historia del equipo de expansión Atlanta United FC, comenzando su aventura en la MLS de Estados Unidos. El sábado 15 de septiembre a las 14:15 horas salió para Panamá junto con Marco Tulio Montenegro y Byron Milián Vicente.
En el marco de un nuevo sistema político y con 68 % del total de votos, fue elegido en 1985 Marco Vinicio Cerezo Arévalo, candidato izquierdista y primer presidente civil en un país donde los regímenes militaristas habían sido la pauta. No obstante, debido a la presión internacional, especialmente la de otras naciones de América Latina, el general Mejía Víctores se vio obligado a permitir un retorno gradual a la democracia en Guatemala; el 1.º de julio de 1984 convocó a elecciones para representante a una Asamblea Nacional Constituyente la cual eventualmente redactó una nueva constitución democrática para el país la cual entró en vigencia el 30 de mayo de 1985. Posteriormente, en ese año se celebraron elecciones general en donde resultó elegido el candidato civil Vinicio Cerezo. Las elecciones nacionales para presidente, el Congreso, y oficinas municipales fueron sostenidas en noviembre de 1995. Con casi veinte partidos que compiten en la primera ronda, la elección presidencial llegó hasta un desempate el 7 de enero de 1996 en el cual el candidato del PAN, Álvaro Arzú derrotó a Alfonso Portillo del FRG solamente por un 2 % de los votos. En las elecciones presidenciales de 1991, es electo el ingeniero Jorge Serrano Elías, asumió la presidencia el 14 de enero de 1991, completando así la primera transición de un gobierno civil electo democráticamente a otro.
El licenciado Vinicio Cerezo, líder de la Democracia Cristiana Guatemalteca, tomó posesión al cargo de Presidente de la República el 14 de enero de 1986. Fue el primer civil en ser electo presidente desde 1966 y el único presidente desde la apertura democrática de 1985 en tener un período constitucional que dure cinco años. Se dice que pudo haber sido un excelente líbero ya que sus dotes para arrancar jugadas desde la defensa eran inmaculadas, y como defensor central nunca cometió errores al despejar balones. Como resultado de los Acuerdos de Esquipulas nace el Parlamento Centroamericano como la instancia política permanente y democrática, de representación popular. El Grupo Contadora fue una instancia multilateral establecida por los gobiernos de Colombia, México, Panamá y Venezuela, en 1983, para promover conjuntamente la paz en Centroamérica. También se determinó que la elección de representantes se hiciese por las mismas juntas electorales que había elegido diputados a las cortes de España, observándose las leyes anteriores para el procedimiento de la elección; que el Congreso Constituyente se reuniese el 1.º de marzo de 1822; que se conservara la religión católica «en toda su integridad y pureza»; y, finalmente, que mientras el país se constituía, el jefe Gabino Gaínza continuaría al frente del gobierno obrando de acuerdo con una Junta Provisional Consultiva.
Por su parte, Ligorría fue nombrado Jefe de Investigaciones del Ministerio Público. Durante unas reuniones en las que estaba discutiéndose la respuesta que iban a dar los estudiantes, Willy Ligorría llamó aparte a otro dirigente para decirle que sabía en dónde estaban escondidos Hugo Gramajo y Aarón Ochoa y que si quería podía llevarle hasta ellos. Pero el 21 de agosto fue detenido y desaparecido Iván Ernesto González; al día siguiente, Carlos Contreras Conde, máximo dirigente del Movimiento Estudiantil Universitario (MEU), fue secuestrado en las cercanías de la Universidad. Luego del asesinato de los estudiantes universitarios, Ligorría fue orador en algunos mítines en la Universidad y participaba en las concentraciones que se realizaron. En 1989, regresaron a Guatemala del exilio varios estudiantes universitarios con la intención de lograr un resurgimiento de la coordinación estudiantil, que estaba prácticamente desmantelada. En 1987, el presidente de la Asociación de Estudiantes «El Derecho» (AED), Willy Ligorría, fue expulsado de la Asociación de Estudiantes Universitarios de la Universidad de San Carlos por malversar fondos del Comité de Huelga de Dolores, por su participación directa en un desfalco de dinero de la asociación y por usurpación de funciones actuando y firmando como Secretario General en diversas actividades y documentos internacionales.