La siguiente temporada el equipo continuaba con un rendimiento regular y tras la jornada 10 donde el Bayern fue derrotado 5:1 por el Eintracht Fráncfort, Kovač fue despedido, asumiendo el cargo como interino Hans-Dieter Flick. El 28 de septiembre el entrenador Carlo Ancelotti fue despedido tras una derrota por 3:0 en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA 2017-18 ante el París Saint-Germain, así como una temporada totalmente insatisfactoria en cuanto al rendimiento esperado. Sin embargo -como pasó en casos similares con Louis van Gaal y Carlo Ancelotti-, la dirigencia del club decidió proteger a su entrenador de las críticas. Ponía fin de esta forma a 16 temporadas en el primer equipo del Real Madrid en las que conquistó 16 títulos, se convirtió en el jugador con más goles de la historia del club por delante de Alfredo Di Stéfano y en el jugador que más veces se vistió de «blanco».
En lo que respecta al dibujo táctico, él es un exponente del fútbol holandés, del fútbol total, todos atacamos, todos defendemos. Fue él quien me dio la gran oportunidad, en Ajax y luego en el Barcelona, como lo fue para Iniesta y Xavi también. El 31 de julio, Hasan Salihamidžić fue presentado como nuevo director deportivo. En marzo de 2019, el club anunció el fichaje de Lucas Hernández del Atlético de Madrid por una tarifa récord tanto del club como de la liga por € 80 millones. Sin embargo, pudo conseguir su 9.° título consecutivo de liga, y además, Robert Lewandowski rompió el récord de más goles en una temporada de liga de Gerd Müller después de anotar 41 veces. Con Heynckes nuevamente al mando, el club logró reponerse y rápidamente escaló hasta la cima de la liga, en la cual se proclamaron campeones por sexta vez consecutiva. Es por ello que los fundadores del club establecieron el uso de dichos colores en el emblema del club, así que decidieron utilizar camisetas blancas y pantalones cortos azules. Tras el histórico registro de ganancia de €528,7 millones en la temporada 2013-14, ha conseguido devolver la totalidad de los €346 millones que había pedido en préstamo para la construcción del Allianz Arena.
Este importe se destinó a la ayuda para financiar el Allianz Arena. Es el himno del equipo «bávaro», y es cantada al principio de sus partidos en el estadio Allianz Arena de Múnich. En cuanto al número de partidos y goles, el portero alemán Sepp Maier encabeza la lista con un balance de 661 partidos -29 por encima del capitán honorario Oliver Kahn-. El Bayern siempre ha contado con una buena cantera de jugadores, y es que la senda la han marcado algunas leyendas del club como Franz Beckenbauer, Sepp Maier, Philipp Lahm, Thomas Müller, Bastian Schweinsteiger, entre otros. Deutsche Telekom es el principal asociado publicitario y a su vez el titular actual de los derechos de la camiseta, mientras que el proveedor principal del club es Adidas. Algunos de los que pasaron por la academia fueron Owen Hargreaves, Michael Rensing, Bastian Schweinsteiger, Philipp Lahm, Holger Badstuber y Thomas Müller.
Más tarde se anunció que Flick se marchaba para hacerse cargo de la selección alemana. El alumbrado usualmente rojo se usa cuando el Bayern juega en casa, azul cuando jugaba el 1860 Múnich y blanco para el selección de fútbol de Alemania. ↑ «Un libro revela que el Bayern Múnich resistió al nazismo». Después conseguiría vencer al Olympique de Lyon por 3:0 para alcanzar nuevamente una final continental desde la última vez en 2013. En la final vencieron al París Saint-Germain por 1:0 con gol de Kingsley Coman para alcanzar -pese a los parones de tiempo debido a la pandemia de COVID-19- el triplete y convertirse en el segundo club europeo que alcanza dos tripletes continentales. En la Liga de Campeones de la UEFA el club fue eliminado por el Liverpool en los octavos de final, siendo la primera vez desde 2011 que el Bayern no llegaba a la instancia de cuartos de final. Una semana después el Bayern derrotó al R. B. Leipzig por 3:0 en la final de la Copa de Alemania. «Estrella del sur»- es una canción compuesta por el compositor alemán Willy Astor.