El Bayern terminó en tercer lugar en la división sureña ese año, pero el otro equipo de Múnich, el 1860 Múnich, había ganado el campeonato. Como la mayoría de los departamentos del Bayern de Múnich, el objetivo principal del club de ajedrez es la formación de nuevos talentos dentro de los confines de la escuela «Wilhelm-Hausenstein». Como la Asociación Alemana de Fútbol prefería no incluir dos equipos de una misma ciudad, segunda equipacion ajax el Bayern no estuvo seleccionado para la Bundesliga. Seis semanas después de la capitulación alemana de mayo de 1945, el Bayern disputaría su primer juego, perdiendo 4:3 a su rival local el Wacker -hoy denominado Innsbruck-. El 11 de mayo de ese mismo año, alcanzan la final de la Copa del Emir de Catar tras superar al Lekhwiya SC 3-2 en las semifinales del torneo. ↑ EFE (17 de mayo de 2008). «Raúl se queda fuera; Sergio García y Cazorla son las novedades». ↑ a b «Youth academy» (en inglés). ↑ «Raúl González Blanco» (en inglés). ↑ Frías, Manuel (20 de enero de 1998). «Heynckes, cerca de su once ideal» (PDF). ↑ «Bayern Múnich – Evolución de la asistencia». A comienzos de 1964, tanto el Bayern y el 1860 Múnich trataron de utilizar los servicios del delantero Gerd Müller desde el club de aficionados de TSV 1861 Nördlingen.
Jugador con más títulos: Thomas Müller (29 títulos oficiales). Herbert Erhardt era el único jugador experimentado del club, por lo que tuvieron que traer talento joven, entre ellos a Sepp Maier. Uno de los pocos puntos destacados de los años 1940 y 1950 para el club, fue ganar la Copa de Alemania. De acuerdo con los registros del club, el Bayern perdió a 56 miembros que perecieron en el campo de batalla, entre ellos los jugadores de selección Josef Bergmaier y Franz Krumm. Como punto de partida para jugadores famosos como Johan Cruyff, Dennis Bergkamp y Wesley Sneijder, el Ajax recientemente ha abierto un nuevo centro educativo en sus instalaciones de entrenamiento. El nuevo comienzo después de la guerra fue difícil, en junio de 1947 Kurt Landauer regresa del exilio, y unas semanas más tarde fue reelegido como presidente de la asociación. En la calificación se encontraron con el San Pauli, pero perdió 0:2. Desde ese momento comenzó un largo bajón deportivo en la asociación que incluso culminó con el descenso en la temporada 1954-55. Sin embargo, logran el ascenso al año siguiente. El número de miembros de la asociación mostró un desarrollo positivo en los años de posguerra.
Pronto, el Bayern volvió a conseguir más de 1000 miembros. Siete miembros también fueron asesinados por los nazis por razones raciales, políticas o religiosas. Los merengues, con siete puntos de ventaja sobre el Deportivo La Coruña, se alzaron con el título de liga tras 4 años sin alcanzarlo. Dos años después, el Ajax ganó la Liga holandesa, circunstancia que se repetiría en siete ocasiones más. «Tschik» Čajkovski abandonó el club en 1968 después de cinco años de éxito. Cinco equipos de la Oberliga Süd fueron admitidos. En Europa, el Bayern no podría pasar de los cuartos de final de la Liga de Campeones de la UEFA 2016-17 al ser eliminado nuevamente por el Real Madrid en otra edición de «el clásico europeo», cortando así el hito de haber estado en cinco semifinales consecutivas de dicho torneo. No obstante el club ha recibido multas por el comportamiento homófobo de sus ultras, ya que en 2014 el club sufrió una sanción económica de la UEFA por un cartel contra el Arsenal en un partido de Liga de Campeones. El equipo de Sepp Herberger ganó allí su primer título mundial, aunque la final contra Hungría fuese una amarga experiencia para Jakob Streite, el cerebro de «los bávaros».
El objetivo de la temporada era alcanzar la ronda de promoción a la liga, el cual también se podría lograr con un segundo lugar al final de la temporada. El 6 de junio de 1964, en el primer partido de la ronda de promoción ante el San Pauli, el Bayern salió airoso ganando 4:0. Fue el primer partido oficial de Franz Beckenbauer, quien para el momento contaba con 18 años de edad, y además su primer partido con el Bayern logró su primer gol. Igualmente, en años anteriores ayudaron del mismo modo al Carl-Zeiss Jena (2011), Darmstadt (2008), San Pauli (2003), Hertha de Berlín (1995), Eintracht Fráncfort, Fortuna Sittard y el ya citado 1860 Múnich. Después de vencer en la semifinal al Saarbrücken con marcador de 3:1, la final sería ante 42 000 espectadores en el estadio Augsburger Rosenaustadion, donde Rudolf Jobst marcó el definitivo 1:0 contra el Fortuna Düsseldorf. Hermann era hasta la fecha el segundo entrenador del Fortuna Düsseldorf, por su parte, Gerland era responsable del área deportiva del FC Bayern Campus.