En su trabajo organizativo, los cuadros del MR 13 se apoyaron en los dirigentes local del movimiento agrarista de los años cincuenta y en los líderes de los partidarios del Partido Revolucionario. La falta de un líder y de dirección del movimiento popular, hizo que los acontecimientos se salieran de los marcos legales. Irónicamente, Marco Antonio Yon Sosa, líder de las Fuerzas Armadas Rebeldes de Guatemala estudió en esta escuela en 1950 cuando era cadete y era uno de los expertos en inteligencia militar. Estando el gobierno de Ydígoras en la cuerda floja, este para calmar los ánimos, autorizó que el expresidente, el socialista Juan José Arévalo, líder alrededor de quien se unificaba toda la izquierda, regresara al país y fuera candidato para las elecciones de 1963, y así pudiera ser electo presidente para el periodo 1964-1970. La cúpula del Ejército de Guatemala y las clases altas más conservadoras de la sociedad se opusieron rotundamente, temiendo la posibilidad de que se repitiera la experiencia de 1944-1954. A finales de marzo, los rumores de que Arévalo ingresaría al país arreciaron. Lo más destacado de este hecho fue que hizo estallar la preinsurrección en la Ciudad de Guatemala, y como consecuencia de la represión, los estudiantes abandonaron la protesta social y la movilización de las masas como vía para cambiar el sistema corrupto y antidemocrático y en adelante, se unirían a la lucha armada guerrillera, principalmente los estudiantes de la Universidad de San Carlos de Guatemala.
En la primavera de 1962, ya en plena actividad la lucha armada guerrillera, se acordó un diálogo directo con los líderes militares que comandaban la guerrilla; los comandantes del Movimiento Revolucionario 13 de Noviembre (MR-13), Luis Turcios Lima y Marco Antonio Yon Sosa, y los miembros de la URD, Manuel Colom Argueta, Adolfo Mijangos López, y Américo Cifuentes Rivas se reunieron con el objetivo de conocer, debatir y decidir la propuesta de los comandantes guerrilleros de que la organización política URD, encabezada por sus dirigentes se incorporara a la lucha armada. El gobierno de Méndez Montenegro restableció en 1967 un decreto promulgado por Jorge Ubico Castañeda que otorgó a los cafetaleros y a las empresas bananeras exoneración de responsabilidad criminal en ciertos casos, lo cual provocó que los grupos guerrilleros realizaran actos que mostraban su rechazo. Universidad de Chile, con el objeto de llegar a la fundación de un club de deportes, que reuniera en su seno a todos los deportistas estudiantiles, por lo que propuso el nombramiento de un comité que se encargaría de redactar las bases, reglamentos y estatutos de la nueva entidad, para luego proceder a la elección de un directorio. Los ataques fueron dirigidos a oficinas militares y al edificio del Congreso de la República, en donde en ese entonces funcionaba la Asamblea Constituyente que estaba escribiendo la nueva constitución; una bomba estalló a trescientos metros de la casa presidencial, y otras dos fueron activadas en residencias de diputados en el sur de la Ciudad de Guatemala.
Enrique Peralta Azurdia derogó la Constitución Política de la República, disolvió el Congreso, prohibió la asociación política y bloqueó absolutamente a la izquierda de toda actividad política, incrementando su persecución. En julio de 1963 los Estados Unidos reorganizaron su centro de entrenamiento militar en Panamá con el nombre oficial United States Army School of the Americas (USARSA), o más popularmente como Escuela de las Américas, el que desde entonces cooperó con multitud de gobiernos latinoamericanos, en su tarea de adiestramiento militar e intervención política. De hecho, durante su gobierno la violencia política se incrementó: la guerrilla se había fortalecido, lo que llevó al ejército de Guatemala a implementar una importante campaña contrainsurgente, sobre todo en el oriente del país y en la Ciudad de Guatemala. Del golpe de estado la noche del 30 de marzo de 1963, la guerrilla instalada en la Sierra de las Minas no se enteró, sino hasta días después, pues no tenía un radiorreceptor; solamente cuando hacen incursiones aprovechan para llevarse periódicos de días y semanas atrás y hasta entonces se dan cuenta de lo sucedido; tampoco se pronunció en favor ni en contra de ninguna de las modificaciones que luego implementó el nuevo gobierno.
Una unidad del Movimiento Revolucionario 13 de Noviembre (MR 13) llegó hasta Olopa, reuniendo a los indígenas ch’ortís, ofreciendo tierra y libertad. En ese momento, el movimiento de masas en la capital ya se había convertido en un reto para el gobierno. Además, mostraron la línea convergente hacia la que se encaminaban tanto el movimiento social como la insurgencia. Al asumir la presidencia autoproclamó a su gobierno como el «Tercer Gobierno de la Revolución» e intentó algunas tímidas reformas sociales pero el Ejército de Guatemala, quien era el que en realidad tenía el poder, no le permitió ningún margen de acción, y los intentos por reducir la violencia tanto de la extrema derecha y de la extrema izquierda no fueron suficientes. Con el golpe de Estado de 1963, el Ejército de Guatemala, como institución, asumió el control absoluto del Estado, implantando así una dictadura militar, y se comprometió a aplastar de una vez por todas a la insurgencia, especialmente a la guerrilla que estaba atacando en el oriente del país. Un hecho que conmovió a la sociedad guatemalteca durante este gobierno, fue el secuestro, tortura y asesinato de la Miss Guatemala de 1958, Rogelia Cruz Martínez quien se había unido a la guerrilla izquierdista después de las jornadas estudiantiles de 1962. Fue raptada en diciembre de 1967 por las fuerzas gubernamentales, y encontrada muerta el 11 de enero de 1968 cerca de un puente cerca de Escuintla, con terribles señales de tortura.
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