Para cesar las hostilidades, se firmó un convenio el 10 de octubre de 1822 entre representantes salvadoreños y del Imperio mexicano, pacto en el que se reconoció la voluntad de las provincias que se habían sometido a México y también a las que deseaban sujetarse a San Salvador. Mariano de Aycinena y Piñol fue designado el 1.º de marzo de 1827 como gobernador del estado de Guatemala por el presidente de la Federación de las Provincias Unidas del Centro de América, Manuel José Arce. Aycinena ordenó el 18 de marzo de 1829 que se aplicara la pena de muerte a todo aquel que ayudara al enemigo, hizo una proclama en la que invocaba la defensa de la «santidad de los altares» y emitió una disposición legal, por la que los líderes liberales, entre ellos el doctor Pedro Molina Mazariegos, fueron declarados enemigos de la patria; a pesar de todo, fue derrotado. El general Arzú fingiendo enfermedad huyó a Guatemala, dejando sus tropas bajo el mando del teniente coronel Antonio de Aycinena. Guatemala, ya que temían que el congreso centroamericano estipulado por el acta de independencia del 15 de septiembre, el cual debía «decidir el punto de independencia general y absoluta», fuera contrario a sus intereses.
La República Federal fue una entidad política que incluía a Guatemala, Comayagua, El Salvador, Nicaragua y Costa Rica. Sin embargo, en los nuevos Estados era debatido el sistema que regiría a la nueva república centroamericana, esto es, entre uno federal o centralizado. En febrero de 2022 se confirma una nueva vuelta al circuito. Allí tuvo contacto con los dirigentes salvadoreños, entre ellos Delgado, quien terminó confinado en una de sus haciendas. Cuando estaba en condiciones de actuar a principios de 1829, envió una división al mando del coronel Juan Prem para entrar en territorio guatemalteco y tomar el control de Chiquimula. En el juego de vuelta, en un partido trabado sin muchas ocasiones de gol, Grêmio vencería por 1-0, forzando la definición a través de una tanda de tiros penales, en la cual los olimpistas derrotarían al equipo brasileño por 5-4, anotando el último penal el mediocampista Juan Carlos «Choco» Franco.
Por San Salvador fueron elegidos José Matías Delgado y José Antonio Jiménez y Vasconcelos en calidad de diputados propietarios, y como suplentes Pedro José Cuellar y Juan Francisco Sosa. La ofensiva desde Guatemala para someter a San Salvador empezó con el despliegue de las tropas al mando del sargento mayor José Nicolás de Abós y Padilla, que trabó batalla con las huestes salvadoreñas comandadas por Manuel José Arce, quien triunfó en la batalla de Llano El Espino. Pero en octubre de 1826 el presidente de la República Federal de Centro América, Manuel José Arce disolvió el Congreso y el Senado e intento establecer un sistema unitario aliándose con los conservadores, por lo que se quedó sin el apoyo de su partido, el liberal. Tras la separación del Imperio de Iturbide se creó la República Federal de Centro América, con Manuel José Arce como primer presidente. Precisamente, Gaínza supo de la invitación de Iturbide el 27 de noviembre para que el Reino de Guatemala formase, junto a México, «un grande imperio», ya que Guatemala, según reporta Alejandro Marure, «se hallaba todavía impotente para gobernarse por sí misma». La opinión que prevalecía en las provincias, a excepción de Guatemala, era el sistema federal similar al de los Estados Unidos.
Sin embargo, su cumplimiento se haría efectivo a condición de que se suspendiera la marcha de los militares, así como se reconociera la erección de la silla episcopal. De igual manera el ayuntamiento de San Salvador había expresado su posición de resolver su destino por medio de un congreso nacional centroamericano, como único facultado para resolver sobre el asunto. Morazán se mantuvo peleando alrededor de San Miguel, derrotando a cada pelotón enviado por Arzú desde San Salvador hasta que dejó al coronel Montúfar a cargo de San Salvador y fue a ocuparse personalmente de Morazán; cuando el hondureño se dio cuenta de los movimientos de Arzú, salió rumbo a Honduras a reclutar más tropas. El coronel y sus tropas marchaban con rumbo a territorio hondureño, cuando fueron interceptados por los hombres de Morazán en San Antonio. El 15 de marzo, cuando Morazán y su ejército estaban en camino de ocupar sus posiciones anteriores, fue interceptado por las tropas federales del coronel Prado en el rancho de Las Charcas. Morazán, con una posición superior, aplastó al ejército de Prado. Para 1837, en el Estado de Guatemala se inicia una lucha armada contra quien gobernaba el Estado de Guatemala, liberal al igual que Francisco Morazán, el doctor José Mariano Gálvez.