El último partido jugado en esta cancha fue el 10 de septiembre ante Estudiantes Juniors con triunfo de Independiente. El partido de vuelta se jugó en el Estadio Rey Balduino en Bruselas el 22 de mayo, concluyendo el partido con un 2-1 a favor de los neerlandeses y en el que Cruyff marcó el segundo gol. ↑ «Federer remonta un partido increíble ante Del Potro y avanza a semifinales de Roland Garros». Además de ello, firmó un acuerdo con el presidente del Club Atlético Sarmiento de Resistencia (Chaco), Jorge Capitanich, por el cual el equipo pasaría a trasladar su localía al estadio de básquet de la institución chaqueña, además de cambiar el nombre del equipo de Boca Juniors por Aerochaco Boca. Sin embargo, la comisión directiva consigue firmar un acuerdo con la aerolínea Aerochaco que le permite obtener el dinero necesario para mantener la plaza, y para financiar la actividad del equipo profesional. El inicio de la temporada siguiente estuvo signado por una fuerte polémica, ya que según algunas fuentes, la comisión directiva se había planteado vender la plaza que el equipo ostenta en la liga nacional, debido a los altos costos económicos que conlleva mantener un equipo profesional de primer nivel en una disciplina que históricamente no había gozado de una importancia relevante, como sí sucedió con el fútbol.
Su relevancia se extiende más allá del continente, ya que es considerado como uno de los clubes más influyentes a nivel mundial. En esa oportunidad, el equipo fue acompañado por un fanático boquense, Victoriano Caffarena, perteneciente a una familia adinerada, que financió parte de la gira. Rodeado por su familia, Johan Cruyff falleció en Barcelona el jueves 24 de marzo de 2016 a los 68 años de edad, víctima de un cáncer pulmonar, según anunció su familia en un comunicado difundido a través de su página web. Además, basándose en el porcentaje que acapara en Argentina (entre 40,4% y 46,8% según diferentes encuestas), no hay ningún equipo del mundo que abarque con sus hinchas una porción tan grande de su país. La calificación de la 12 «El jugador número doce» que se ganó la parcialidad de Boca Juniors data de 1925, con motivo de la gira europea que realizó ese año. Numerosos futbolistas han marcado que la afición de Boca Juniors es inigualable, que siempre se hace notar, y que se siente como un duodécimo jugador. Referido al conjunto de la hinchada de Boca, la terminología de «Jugador n.° 12» hacia la hinchada de Boca se popularizó cuando el periodista del diario Crítica, Pablo Rojas Paz, más conocido como «El negro de la tribuna» en una de sus habituales crónicas de la década del 30 dijo que «la hinchada es el jugador n.° 12 de Boca».
Su gobierno sufrió varios intentos de golpe de Estado: en mayo de 1988 el primer intento de golpe de Estado contra el gobierno puso en alerta a la cúpula del Ejército y dio como resultado que expulsaran y marginaran a varios oficiales de la institución. Como resultado de estos inconvenientes, camisetas futbol el club estuvo muy cerca de perder su plaza en la liga nacional. Estos jugadores, provenientes de Santa Fe, fueron Alberto Chividini, Gabriel Magán y Genaro Cantelli, a quienes se los bautizó como Los Gauchos de Boedo, por su origen. Pahiño, que con 23 goles se alzó con el Trofeo Pichichi del campeonato, y Hermidita, con 14, fueron los máximos anotadores en una plantilla en la que formaron también Simón, Mesa, Cabiño, Gaitos, Gabriel Alonso, Yayo, Roig, Miguel Muñoz, Aretio, Vázquez, Retamar, Zubeldia, Salas, Marzá, Venancio, Bermejo y Montoro. El tercer título de Liga Nacional se hizo posible en la temporada 2006/07. Boca, conducido por Gabriel Picatto -desde la segunda fase-, sorprendió y superó a Ben Hur de Rafaela (3-2) en cuartos de final, Libertad de Sunchales (3-2) en semifinales y Peñarol de Mar del Plata (4-2) en la serie decisiva. Tras siete años de sequía, en la temporada 2003/04 llegó el segundo lauro en la Liga Nacional, esta vez con Sergio Santos Hernández como entrenador, tras vencer por 4-2 en la serie final a Gimnasia y Esgrima La Plata.
Para enriquecer su palmarés nacional, Boca ganó, también al mando de Sergio Hernández, el Torneo Top 4 de 2004 al derrotar a Ben Hur. En 1996, se inauguró, en el barrio de La Boca, el Estadio Luis Conde, conocido como «La Bombonerita», donde el conjunto azul y oro tendría garantizada su localía.Un año después, Boca obtuvo por primera vez la Liga Nacional. Museo de Arte de Filadelfia, creado en 1876 ligado a la Centennial International Exhibition de ese año e inaugurado en 1877, es uno de los museos de arte más grande del país. La segunda camiseta propuesta por Don Alejandro Carbone, era celeste y salmón a cuadros y se utilizó hasta 1908. La tercera camiseta era de color azul con una franja blanca en el pecho y fue utilizada hasta 1910 (año donde se logra el ascenso a primera división ganándole la final a Boca). El entrenador era Julio Lamas, y en la serie final el conjunto xeneize superó por 4-1 a Independiente, de General Pico, La Pampa. Los abanderados en este lauro xeneize fueron el ala-pívot Leonardo Gutiérrez, el alero Gustavo Oroná, los bases Raymundo Legaria y Luis Cequeira y el interno cubano (ex-NBA) Lázaro Borrell.