Tras siete años de sequía, en la temporada 2003/04 llegó el segundo lauro en la Liga Nacional, esta vez con Sergio Santos Hernández como entrenador, tras vencer por 4-2 en la serie final a Gimnasia y Esgrima La Plata. El entrenador era Julio Lamas, y en la serie final el conjunto xeneize superó por 4-1 a Independiente, de General Pico, La Pampa. Por primera vez un equipo que no sea argentino, brasileño o uruguayo ganaba la Copa Libertadores y para la final el comité organizó a la hinchada que apoyó al equipo en el estadio de la Bombonera frente a Boca Juniors. Así llegó por segunda vez a una final de ATP Masters 1000. Ya en la final cayó derrotado en un gran partido ante Rafael Nadal por 6-4, 3-6 y 4-6 en 2 horas y 23 minutos. ↑ Equipo ATP (29 de abril de 2011). «Del Potro y Cuevas animan semifinal ríoplatense».
↑ Equipo ATP (10 de marzo de 2011). «Del Potro vence en su regreso al desierto». Sin embargo, en la temporada 1943-44 el equipo desciende tras quedar en la última posición. Celta ocupar la segunda posición de la tabla y certificar su regreso a la primera división. Del Potro entró como el 29° preclasificado, la primera vez desde el Abierto de Australia 2014 que fue sembrado en un torneo de Grand Slam. En una macroencuesta del diario Marca, la canción «Boca, mi buen amigo» entonada por los hinchas xeneizes, fue elegida como el cántico más espectacular del deporte a nivel mundial. Referido al conjunto de la hinchada de Boca, la terminología de «Jugador n.° 12» hacia la hinchada de Boca se popularizó cuando el periodista del diario Crítica, Pablo Rojas Paz, más conocido como «El negro de la tribuna» en una de sus habituales crónicas de la década del 30 dijo que «la hinchada es el jugador n.° 12 de Boca». En la temporada siguiente el equipo, entrenado por Félix Carnero, jugador fundamental en los 70 y posteriormente director técnico imprescindible del gran Celta del primer lustro de los 2000, logró su objetivo en una liga que pudo malograrse por los convulsos acontecimientos de las primeras jornadas, cuando una huelga de jugadores a nivel nacional obligó a los clubs a alinear a jugadores juveniles en las primeras jornadas.
En la temporada 2009/10 de la Liga Nacional consigue un importante cuarto puesto, tras caer eliminado en semifinales ante Peñarol de Mar del Plata, superando las expectativas previas al inicio del torneo. Por la 23.ª fecha de la Premier League, volvería a anotar un gol en el derbi ante Everton, llegando a veintitrés goles y, de esta manera, igualaría la cantidad de goles que había anotado en Premier League la temporada anterior. Durante la misma Caffarena ayudó al equipo en todo: hizo de técnico, de delegado y de masajista, estableciendo tal grado de relación con los jugadores, que éstos los nombraron «Jugador Número 12». Al volver a la Argentina, Caffarena era tan conocido como los mismos jugadores. Desde entonces, y ya recibido de notario, Caffarena dedicó el resto de su vida a apoyar a Boca, creando la agrupación barrial Amigos de la República de La Boca. Paolo Quinteros, Byron Wilson, Martín Leiva, Sebastián Tato Rodríguez y Juan Sartorelli eran algunas de las figuras del plantel de Boca Juniors. Cabe mencionar también que el futbolista que mayores logros cosechó en la historia del equipo es Sebastián Battaglia, quien se formó como canterano y ostenta un total de 17 títulos profesionales.
«Dos títulos perdidos en seis días y golpe en toda la línea de flotación de Zidane». En 2015 el canal volvió refundado por un grupo de socios e hinchas del Club Atlético Boca Juniors, pero solo como un sitio multimedia de forma en línea. Las inferiores del Club Atlético Boca Juniors aportaron un total de cuatro campeones del mundo a la Selección de fútbol de Argentina. Además, basándose en el porcentaje que acapara en Argentina (entre 40,4% y 46,8% según diferentes encuestas), no hay ningún equipo del mundo que abarque con sus hinchas una porción tan grande de su país. En sus comienzos fue un canal de televisión de la empresa argentina Pramer. Además, Boca fue campeón en las cinco primeras ediciones de la Copa Argentina, torneo instaurado en 2002 y organizado, al igual que la Liga, por la Asociación de Clubes. Independiente es desde 1973 el mayor campeón de la Copa. En 2005, Ortelli con el auto de Boca Juniors, se consagró como el primer campeón oficial del TRV6, mientras que en 2008, a pesar de haberse retirado el apoyo al equipo y por disposición reglamentaria, Sebastián Porto eligió como número identificatorio el «12», número que caracteriza a la hinchada de Boca Juniors.