En julio de 1944 el Bayern perdió su casa cuando un bombardeo aliado destruyó la oficina del club. El 13 de julio del mismo año, la oficina y una parte de los archivos del club fueron destruidos tras los bombardeos. El Barcelona conquistó una Recopa de Europa (1989), una Copa del Rey (1990) y cuatro Ligas consecutivas (1990-1994). En 1992 llegó el título más soñado por los barcelonistas, la Copa de Europa. Sin embargo aparece Roland Endler, un hombre de negocios de la ciudad de Neuss y gran fanático del Bayern, el cual proveyó los fondos necesarios, siendo además recompensado con cuatro años en la presidencia del club. El nuevo comienzo después de la guerra fue difícil, en junio de 1947 Kurt Landauer regresa del exilio, y unas semanas más tarde fue reelegido como presidente de la asociación. Después de la «Machtergreifung» -toma del poder por parte de los nazis bajo el liderazgo de Adolf Hitler-, el presidente del club Kurt Landauer tuvo que dimitir por la presión política ejercida contra él debido a su ascendencia judía, mientras que el entrenador Richard Kohn «Dombi», -también de origen judío- tuvo que trasladarse a Suiza. Dicha ronda no se llevó a cabo en el año del final de la Segunda Guerra Mundial.
Tardó nueve años en volver a calar entre las masas, al volver la selección alemana triunfal del Copa Mundial de Fútbol de 1954 disputado en la vecina Suiza. En esta dura situación, la memorable actuación de los ajacied en en la liga se convirtió en la mejor alternativa para olvidar momentáneamente las penas. El ámbito de actuación del club no solo se limita a Alemania, ya que posee presencia en diversos países del mundo, siempre enfocándose en el desarrollo de juveniles. En «el Clásico», Real Madrid y Barcelona empataron a 2, con Raúl y Rivaldo como los Hombres del Partido, marcando los dos goles de sus respectivos equipos. El Barcelona, que había empezado la competición con un juego mediocre, inició ese día una remontada que le llevaría al título; en su camino hacia la Liga destaca una histórica victoria sobre el Real Madrid por 0-5 en el Bernabéu. En la calificación se encontraron con el San Pauli, pero perdió 0:2. Desde ese momento comenzó un largo bajón deportivo en la asociación que incluso culminó con el descenso en la temporada 1954-55. Sin embargo, logran el ascenso al año siguiente.
Un alejamiento que le lleva a jugar de mediocampista tanto, por la izquierda como por la derecha, posiciones que no benefician en nada a su juego y acentúan su bajón de efectividad y que finalmente incluso pudieron ser claves de una severa lesión que le mantendría casi medio año parado. Además, de camino a la Eurocopa de 2004, sus goles en los partidos de repesca ante Noruega fueron también claves para lograr la clasificación. Técnicamente era conocido por sus cucharas, una especie de vaselina, con la que consiguió algunos de sus goles más estéticos. Desde el principio de la Regionalliga en 1994, el equipo jugó en la Regionalliga Süd, después de jugar en la Oberliga desde 1978. Actualmente el filial juega en la Regionalliga Bayern, una de las cinco ligas que componen la Regionalliga, el cuarto nivel del fútbol alemán. Finalmente el Bayern acabó nuevamente la temporada sin títulos, al perder las finales de Copa -5:2 ante el Borussia Dortmund- y Liga de Campeones -por penaltis-. Desde el 1 de julio de 1998 hasta el 30 de junio de 2004, Hitzfeld consiguió 4 títulos de 1. Bundesliga, 2 Copas de Alemania, 3 Copas de la Liga de Alemania, 1 Liga de Campeones de la UEFA, 1 Copa Intercontinental, y varios trofeos amistosos.
Posteriormente el Bayern falló en la defensa del título de la Liga de Campeones al quedar eliminado por gol de visitante ante el París Saint-Germain. El 28 de abril de 1962 nace una nueva era en el Bayern: en primer lugar, solo de forma provisional y por un año, camiseta ajax Wilhelm Neudecker se hizo cargo del club. El 22 de abril de 1945, solo unos días antes del final de la guerra, venció 3:2 al 1860 Múnich. En 1933 el club no pudo defender su título tras perder sus dos partidos vitales contra el 1860 Múnich en el campeonato alemán del sur. En su primera temporada de la Bundesliga el Bayern disputó el derbi ante el 1860 Múnich perdiendo con marcador de 0:1. Posteriormente en el partido de vuelta, el Bayern logró ganar 3:0, dándole el tercer lugar en la tabla. Después de vencer en la semifinal al Saarbrücken con marcador de 3:1, la final sería ante 42 000 espectadores en el estadio Augsburger Rosenaustadion, donde Rudolf Jobst marcó el definitivo 1:0 contra el Fortuna Düsseldorf. En octavos se enfrentaron al Drumcondra de Irlanda donde consiguieron un abultado marcador en la ida tras ganar 6:0, mientras que en la vuelta cayeron derrotados por la mínima.